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Université de Bordeaux
Université publique française proposant des formations et menant des activités de recherche dans de nombreux domaines, dont les sciences de la vie et la santé.
Présentation de Université de Bordeaux
Université publique française proposant des formations et menant des activités de recherche dans de nombreux domaines, dont les sciences de la vie et la santé.
Projets emblématiques
Projets publics documentés, avec leur source.
Développement de mini-protéines épitope-spécifiques guidées par l'IA pour l'étude de l'organisation des récepteurs AMPA aux synapses
Ce projet vise à développer et utiliser des mini-protéines épitope-spécifiques, conçues à l'aide d'approches computationnelles guidées par l'intelligence artificielle, afin d'étudier l'organisation et la fonction des récepteurs AMPA (AMPAR) aux synapses excitatrices. Il s'appuie sur des avancées récentes en biologie structurale et en ingénierie des protéines pour cibler rationnellement les interfaces protéine-protéine complexes impliquées dans l'organisation synaptique. Conception computationnelle de mini-protéines ciblant les interfaces entre Pentraxines Neuronales (NP) et AMPAR à l'aide d'outils de prédiction structurale et d'interfaces basés sur l'IA. Optimisation expérimentale des mini-protéines par évolution continue dans la levure (AHEAD) pour améliorer expression, stabilité et spécificité de liaison. Caractérisation biophysique et structurale des ligands optimisés pour valider affinité, spécificité et mode de liaison. Transformation des mini-protéines sélectionnées en outils fonctionnels : bloqueurs d'interface pour perturber le regroupement des AMPAR dépendant des NP, ou sondes fluorescentes pour l'imagerie en temps réel et en super-résolution (uPAINT/STED). Application de ces outils dans des cultures neuronales pour étudier la dynamique des récepteurs et la signalisation synaptique, avec possibilité d'analyses fonctionnelles complémentaires (enregistrements électrophysiologiques). Ce projet interdisciplinaire relie biologie structurale, ingénierie des protéines, IA et neurobiologie cellulaire, et vise à générer de nouvelles sondes moléculaires pour interroger l'organisation des récepteurs synaptiques, tout en contribuant au développement de méthodologies computationnelles et expérimentales généralisables pour la conception de ligands protéiques ciblant des interfaces biologiques complexes.
Développement d'une plateforme de microscopie intelligente assistée par IA pour l'analyse corrélative multi-échelle de modèles neuronaux 3D
Ce projet vise à concevoir une plateforme de microscopie intelligente pilotée par intelligence artificielle, dédiée à l'analyse corrélative multi-échelle de modèles neuronaux 3D in vitro. L'objectif est de relier l'activité fonctionnelle et l'organisation moléculaire dans des neurosphères de rongeur, grâce à une approche d'imagerie multimodale combinant imagerie champ large, soSPIM (microscopie à feuille de lumière à objectif unique) et soSMARt (microscopie de localisation de molécules individuelles en profondeur). Développement d'un workflow de microscopie adaptatif et autonome, capable d'imagerie multi-échelle de tissus neuronaux vivants. Intégration de modèles d'IA pour la stabilisation 3D, la correction des dérives, la détection d'activité neuronale en temps réel et le contrôle adaptatif des modes d'imagerie. Automatisation de l'acquisition d'images à haute résolution et nanoscopique déclenchée par l'analyse d'événements fonctionnels. Cartographie corrélative de l'activité synaptique et de l'organisation moléculaire au sein d'un même échantillon, dans un cadre entièrement automatisé. Le projet s'appuie sur l'expertise de l'équipe Quantitative Imaging of the Cell en microscopie, traitement d'images, biologie cellulaire et informatique, et sur des outils existants tels que la plateforme soSPIM, la plateforme soSMARt et le logiciel Arkitekt pour l'orchestration de workflows analytiques.
Questions fréquentes
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